El conjunto de edificaciones que hoy ocupan las comendadoras de Santiago perteneció al enorme complejo del convento de Santo Domingo el Real. En esta área se instalaron las monjas de la Orden militar de Santiago a partir de 1935, fecha en la que abandonaron su primera sede situada en Santa Fe. El convento se distribuye en torno al claustro de la Mona y también incluyó entre sus espacios destacados el refectorio de las dominicas. Durante los primeros años, la comunidad ocupó un coro provisional y compartió la iglesia de Santo Domingo hasta que en los años cuarenta convirtieron el antiguo refectorio en iglesia y coro. Esta situación implica que la iglesia carezca de puerta hacia el exterior, circunstancia excepcional en los conventos de clausura de Toledo que siempre están dotados de dos puertas exteriores, una para la portería y vivienda de los demanderos y otra con acceso directo a la iglesia. El coro conserva su alfarje, una techumbre plana de finales del siglo XV dotada de gruesas jácenas que apoyan sobre canes lobulados y con rica decoración pintada. Dos retablos barrocos del siglo XVIII decoran los muros laterales de la nueva iglesia, mientras que el retablo mayor fue realizado después del traslado, pero cobija la imagen de la santa titular procedente de Santa Fe.
El coro de la comunidad está instalado a los pies de la iglesia. En este espacio las monjas comendadoras adecuaron la sillería renacentista procedente de Santa Fe que consta de veinticinco sillas. Estos estalos disponen de columnillas en forma de balaustres y frontones triangulares donde están inscritas las cruces de Santiago. En el claustro de la Mona el maestro Diego de Alcántara utilizó por vez primera en Toledo el motivo de las columnas pareadas, un tema clasicista de gran elegancia que realza la belleza y la armonía de este claustro procesional.